В сентябре 1993 года на базе СШ № 48, совместным решением ГУО г. Алматы, НАН РК и  НАКА РК, был организован Лицей Космического Природоведения (ЛКП) целью которого была подготовка наиболее талантливой молодежи г. Алматы в областях науки, связанных с аэрокосмическим профилем.

Лицей космического природоведения осуществлял свою деятельность на основании нормативных документов, и одним из них являлось распоряжение Президента РК «О государственной поддержке и развитии школ для одаренных детей» № 569 от 03. 06. 1996г. Построение учебного процесса в ЛКП предполагало развитие у детей комплекса знаний необходимых для их дальнейшего профилирования в областях науки и техники, связанных с  астрофизикой и космологией, космонавтикой, космическим материаловедением, космической геологией, космической медициной и физиологией и т.д.

-      В ЛКП работал квалифицированный профессорско-преподавательский состав (12 докторов и 16 кандидатов наук), они вели спец. курсы по вышеперечисленным дисциплинам.

-     Лицей имел договора с Департаментом образования г. Ленинска, Московским Государственным Высшим Техническим Университетом им. Баумана, Международной космической школой, что давало возможность выпускникам лицея поступать в лучшие технические ВУЗы России.

-    Между ЛКП и руководством космодрома Байконур существовала договоренность, по которой учащиеся ЛКП имели возможность проходить ежегодную учебно-производственную практику на космодроме Байконур.

-    В октябре 1997 г. в г. Турине (Италия) на 48 конгрессе IAF, Лицей был принят членом в Международную Аэрокосмическую Ассоциацию (IAF), где он представлял Республику Казахстан, причем Казахстан в лице Лицея стал 49 членом IAF в мире и 3 м в СНГ, после России и Украины.

-    За успехи в научной и учебно-педагогической деятельности Лицей награжден Благодарностью Президиума НАН РК (1996 г.), Почетной грамотой Министерства науки и Академии наук РК (1998 г.), Почетной грамотой МАН (1999 г), Благодарностью ректора МГТУ им. Баумана (1997, 2003 гг.).

С 2012 года в  школе-лицее № 48 ведется специализация по двум направлениям (физико-математическое и естественно-географическое). Заключены договора сотрудничества, по которым в работе по научным проектам принимают участие 4 доктора наук,  4 кандидата наук, а также учителя высшей категории.

Преподается 32 спец. курса.

Работает научное общество учащихся «Альтаир».

Лицей имеет многостороннюю концепцию развития. В одном из разделов данной концепции уделяется огромное внимание проектной и научно-исследовательской деятельности учащихся. Сущность, которой заключается научить учащихся создавать научные проекты.